正是在明末清初这段时间，伴随着欧洲传教士在中国相对自由的活动，西学即欧洲的科技文化在中国的传播，出现了一次活跃与高潮。

在天文学方面，欧洲传教士们来到中国后，不仅翻译、介绍了许多西方天文历算方面的书籍，而且引进、制造了一批天文仪器，如地球仪、天体仪、望远镜，等等。如汤若望在明末、清初先后编成《崇祯历书》和《时宪历》。后者就是一直沿用到今天的阴历。还编著了《古今交食考》、《测食说》、《恒星出没》、《浑天仪说》等天文著作。比利时籍的传教士在清朝供职期间，更主持设计制造了六件大型铜制天文仪器，有天体仪、赤道经纬仪、黄道经纬仪、地本经仪、象限仪和纪限仪，安置在北京观象台。并由南怀仁绘图陈述，收入了《灵台仪象志》。在介绍欧洲先进的天文学说方面有重要贡献的另一位传教士，是法国的蒋友仁。1761年，蒋友仁将手绘的《坤舆全图》进呈乾隆皇帝。此图附有说明，介绍了伽利略和哥白尼的地动说及行星运动说，指出哥白尼学说“以太阳静地球动为主”。蒋友仁的《坤舆图说稿》手抄本，经中国著名学者何国宗、钱大昕润色，刻印流传，受到中国学者的重视。

在数学方面，利玛窦和徐光启合译的欧几里德的数学名著《几何原本》，是关于平面几何学的系统性著作。由此传入中国一种崭新的逻辑推理方法，也大大丰富了中国几何学的内容与表述方式。原书15卷，当时只译出了前六卷，刻于1607年。利玛窦同李之藻合译的另一部数学著作《同文算指》，是我国最早介绍欧洲笔算的著作。在这部书中，从加减乘除到开方，中国和西方的算术第一次融会在一起。由于简便易行，经过后来的改进，得到了普遍的推广。1634年编成的《崇祯历书》中，也介绍了大量的西方数学方法，将西方平面三角学、球形三角学传入中国。汤若望也编写了《几何要法》和《新法算术》等数学著作。在17世纪的中国，计算工具共有四种：珠算、笔算、筹算、尺算，后三种都是从西方传来的。

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